شهادت امام علی النقی (ع) در سال 254 ه بنابر مشهور در سن 41 سالگی بوده است . مرحوم کلینی شهادت آن حضرت را در 26 جمادی الاخر نقل فرموده است . مشهور این است که آن حضرت 6 یا 8 سال و 5 ماه داشت که پدر بزرگوار ایشان جوادالائمه (ع) به شهادت رسید ، و آن حضرت به منصب کبرای امامت و خلافت عظمی رسیدند ، و مدت امامت آن وجود شریف 33 سال بود .

ایام حیات امام هادی (ع) مصادف بود با خلافت بناحق مامون ، معتصم ، واثق ، متوکل ، منتصر ، مستعین ، معتز ؛ و آخرالامر معتز آن حضرت را با زهر شهید کرد . مدت عمر مبارک آن حضرت 41 سال و چند ماه بود . 13 سال در مدینه اقامت فرمودند و بقیه ایام امامت خویش را به اجبار متوکل در سامرا بودند .

حاکم مدینه به متوکل نوشت اگر تو را به مکه و مدینه حاجتی است ، علی بن محمد (ع) را از این دیار بیرون ببر که همه را مطیع خود ساخته است. در مدینه اسباب اذیت و آزار به آن حضرت را به دستور متوکل زیاد کردند ، تا زمانی که  آن حضرت را به سامرا بردند و جسارتها کردند ، تا اینکه معتز آن حضرت را شهید کرد .

امام عسکری (ع) غسل و کفن و نماز بر آن حضرت را انجام داد و بعدا در ظاهر این امورات توسط دیگران انجام شد و ایشان را در منزل خود در مکان فعلی حرم مطهر دفن نمودند .